生物质锅炉配套除尘器应充分考虑考虑粉尘的特性、烟气的性质和运行工况等因素，如生物质锅炉燃烧粉尘粒径小，质量轻，旋风除尘器收尘效率就非常低，有些生物质锅炉燃烧并不完全，烟尘都为质量较轻的憎水性炭灰颗粒物，常用的水膜除尘器无法有效洗涤下来，另外这些未完全燃烧、质量较轻的低比电阻粉尘，采用电除尘器除尘效果也不理想，容易二次逃逸，电场内部还特别容易火花引燃，这些除尘方式排放的烟尘浓度与林格曼度很不稳定，烟色排放均超标比较严重，正被逐步淘汰，所以大部分生物质锅炉常用的除尘方式主要还是采用袋式除尘。
目前生物质锅炉布袋除尘器的缺点就是滤袋损坏率高，寿命有限，每年运行维护成本较高，如一些小企业小生物质锅炉，平时开开停停，负荷忽大忽小，操作工责任心有限，经常出现200度左右的排烟温度，这些小锅炉特别容易出现烧袋事故，另外布袋除尘在一些特殊生物质锅炉并不适用，如家具行业燃木块、锯末锅炉，制糖行业燃甘蔗渣锅炉，南方燃竹屑、木屑锅炉，还有大米加工业燃稻谷壳锅炉等等，这种特殊的生物质锅炉燃料有些水分大，很多生物质锅炉含氧量高达15%以上，布袋滤料容易水解或氧化，寿命极短，有些生物质锅炉粉尘微细，且易夹带未充分燃烧的细小块状物和碳化物，易发生二次燃烧，也不适合布袋除尘，有的生物质燃料含碳黑含酸气比较高，布袋除尘黏袋和腐蚀还是比较严重。总的来说，目前尽管在布袋除尘器前普遍增设多管旋风除尘作为保护措施，但还是完全没有解决这些特殊生物质锅炉布袋除尘装置容易破袋、烧袋、寿命短的难题。
